Столкнулись с такой проблемой: при автоматическом развертывании проекта с использованием символических ссылок (например, с помощью capistrano) на сервере с установленными nginx + php-fpm и включенным OPcache возникают странные ошибки вроде «Can’t redeclare class».
Не помогает ничего, кроме перезапуска php-fpm или вызова opcache_reset(). После поиска причин, удалось установить, что баг связан именно с тем, что OPcache неверно воспринимает пути с символическими ссылками. Подробнее описано здесь (ZendOptimizerPlus issue #126).
Помогает использование $realpath_root в настройках nginx:
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $realpath_root$fastcgi_script_name;fastcgi_param DOCUMENT_ROOT $realpath_root;